Las conmemoraciones de la Semana Santa toman gran significado en San Juan del Río, donde la comunidad católica participa en una serie de actividades que recuerdan los momentos centrales de la vida de Jesucristo.
Las celebraciones inician con el Viernes de Dolores, cuando se instalan altares en honor a la Virgen María en su advocación de Dolorosa, evocando los siete momentos de sufrimiento que vivió como madre de Jesús.
El Domingo de Ramos da paso a las actividades litúrgicas más importantes, con una procesión que recorre desde el templo de Santo Domingo hasta la parroquia, donde se bendicen los ramos y se celebra la misa.
En los días previos al Triduo Pascual, se realizan oraciones y misas en el Santuario de Nuestra Señora de Guadalupe. Para el Miércoles Santo, los sacerdotes participan en la Misa Crismal en la Catedral de Querétaro y posteriormente trasladan los óleos sagrados a la parroquia.
El Jueves Santo se recuerda la Última Cena y se lleva a cabo la visita a las siete casas, tradición que simboliza el camino de Jesús antes de ser crucificado.
El Viernes Santo se realiza el Viacrucis, una de las prácticas más representativas, que recorre calles emblemáticas del municipio donde aún se conservan vestigios históricos de esta tradición.
Las celebraciones concluyen con el Sábado Santo, con la Vigilia Pascual, y el Domingo de Resurrección, cuando se celebra la victoria de Cristo sobre la muerte mediante misas solemnes y el encendido del cirio pascual.